西南日本的肥后橙色铁路（Hisatsu Orange Railway）乘客已可再次沿全线乘车。熊本县最后一段因7月28日地震而停运的区间于10月13日星期二恢复通车。此次恢复使所有受该地震影响的铁路区间在灾后77天全部重新开通。一名52岁的兼职工作人员每月乘坐肥后橙色铁路列车两至三次，前往医院就诊和购物。“因为一直希望全线能尽早恢复运营，所以我很高兴。”该乘客说。轨道变形和站台受损曾导致矢场泽站至肥后田浦站之间23.6公里区间的列车服务中断。受影响区间靠近震中。作为第三部门铁路运营商，肥后橙色铁路株式会社在地震损坏沿线100多处后，曾一度全面停运。该公司总裁中村诚基说：“我们终于能够全线运营列车，非常高兴。”九州旅客铁道公司（JR九州）也已于周六恢复鹿儿岛线宇土站至矢场泽站之间的运营。其严重受损的九州新干线熊本站至新水俣站区间此前已于9月18日恢复通车。JR九州对肥后橙色铁路线路的运营于2004年结束，当时九州新干线一段线路开通。
