该机构在全国约1300个地点布设了基于GPS的基准站以监测地壳形变。在2016年4月袭击该县的特大地震中，南阿苏村的地面曾移动约97厘米。周二发生的最大震度达7级（日本气象厅震度等级最高级）地震后，八代市一座基准站记录到地面水平移动87厘米，并下沉约32厘米。市内另一座基准站向南移动约17厘米，而该县首府熊本市的一座基准站则向北移动约43厘米。根据此类观测点的地表位移数据计算，此次地震的发震断层长度约为32公里，宽度约7.9公里，推断错动量约为2.2米。此外，日本宇宙航空研究开发机构（JAXA）的“大地2号”观测卫星拍摄的雷达影像分析显示，靠近震源的滨名断层带西北部区域最大位移达50厘米，东南部区域达10厘米。
